Makronova centristička partija bi, prema projekcijama, trebalo da dobije iznad 10 odsto glasova, što je dovoljno za naredni krug koji se održava 27. jula.
Partija Nacionalni zbog Marin le Pen je takođe dobila manje glasova nego što je očekivala.
Obe stranke zaostaju za konzervativnom republikanskom partijom, navodi BBC.
Jedan od Makronovih poslanika, Aurora Berž, opisala je slabe rezultate njene partije "demokratskim šamarom u lice svih nas".
Očekivalo se da Nacionalni zbor u prvoj rundi osvoji najmanje jedan od 14 regiona prvi put u istoriji, ali se to nije desilo.
Le Pen se nije kandidovala za izbore, ali vodi kampanju.
Ona je za malu izlaznost na izborima, u kojima je apstiniralo 66 odsto glasača, opisala kao "građansku katastrofu."
Lider Nacionalnog zbora je za rezultate okrivila vladinu neposobnost da narodu ulije veru u političke institucije.
"Hajde da budemo realni - izbore je obeležila brojna i istorijska apstinencija glasača od blizu 70 odsto zbog nepoverenja u izborni sistem, koji ostavlja glasačima utisak da ništa ne može da se promeni, da je sve oduzeto", izjavila je Le Pen.
Glasači su birali u 14 francuskih regiona, a bilo je više od 15.700 kandidata za 4.100 mesta u lokalnim parlamentima.
Ovi izbori se prate sa posebnom pažnjom, jer su predsednički izbori udaljeni godinu dana i predstavljaju test za Makrona i njegove rivale.
Prema prvim rezultatima Ipsosa, konzervativni republikanci su osvojili 27 odsto glasova, a onda sledi Nacionalni zbor sa 19 odsto. Zeleni, Socijalistička partija i Makronova stranka Republika u pokretu - svi su na 11 odsto.
Ovo je prvi put da je Makronova stranka učestvovala u regionalnim izborima, pošto njegova "Republika u pokretu" nije postojala kada su se održani prethodni regionalni izbori 2015. godine.
