Manastir je u 1070. godine izgradio vizantijski car Roman Diogen IV u znak zahvalnosti što mu je starac Prohor, tokom lova u dolini Pčinje, prorekao da će postati car, ispričao je deo predanja portparol Eparhije vranjske sveštenik Dalibor Jović.
Smešten je na šumovitim obroncima planine Kozjak, na levoj obali gornjeg toka Pčinje, u blizini sela Klenike. Nalazi se na 375 kilometara od Beograda, a bio je u okviru vizantijske države sve do Nemanjinih osvajanja između 1180. i 1190. godine. U sastav Srbije ulazi tek krajem XII veka, u vreme velikog župana Stefana Nemanje.
U istorijskim izvorima, kako navode u Eparhiji, manastir se ne pominje se sve do dolaska na vlast srpskog kralja Milutina (1282-1321).
Razdoblje prosperiteta za manastir, u kome je bio i snažan duhovni i kulturni centar srednjovekovne srpske države, završen je dolaskom Turaka.
Kako neki izvori navode, knez Lazar Hrebeljanović podigao je spoljnu pripratu, ispred Milutinove crkve, isto kao i u Hilandaru. Predanje kaže i da je knez na putu za Kosovo Polje tu pričestio i vojsku.
U Eparhiji podsećaju i na to da nekoliko zapisa svedoči o velikom stradanju manastira 1817. godine, kao i na reči Vuka Karadžića: "Ali, manastir odoleva svemu, kao jedan od mnogih manastira koji su u ta vremena bili pravi i jedini stubovi i čuvari zakona ''ršćanskoga'' i imena srpskoga".
U srpsko-turskim ratovima 1876-1878. godine, manastir je bio jedan od važnih centara ustanka.
Na meti Bugara našao se tokom oba svetska rata - 1915. i 1941. godine.
Godine 1979. godine proglašen je kulturnim dobrom od izuzetnog značaja.
Sveobihvatna revitalizacija manastira, čij je kompleks drugi po veličini u SPC, počela je 1986. godine.
Pored potpune obnove Vranjanskog konaka, tada su realizovani i najneophodniji radovi na hramu i ostalim objektima u kompleksu, uljucujuci i staru vodenicu. Uređeni su porta i veliki prostor ispred manastira, kao i minihidroelektrana sa akumulacijom kako bi se izbegla svaka vrsta zagađenja.
Poslednji je rekonsturisan Kraljev konak, izgoreo u požaru 2014. godina.
Tokom ratnih sukoba na tlu SFRJ bio je utočište izbeglica iz Hrvatske i sa Kosova i Metohije.
Manastir je i kulturno-prosvetni centar u kojem su bogoslovska škola, prepisivacko-iluminatorska radionica, a uči se ikonopisacki zanat.
Mošti Svetog Prohora nalaze se u maloj pokloničkoj kapeli u unutrašnjosti manastira, iz kojih već skoro ceo milenijum izvire čudotvorno miro.
